Ensembl命名:Ensembl数据库也使用类似GRC的命名方式,如 "GRCh38"。 NCBI和RefSeq命名:NCBI和RefSeq使用类似的命名规则,如GenBank中的 "GCA_000001405.15" 和RefSeq中的 "GCF_000001405.26" 都对应GRCh38。 补丁命名:当在不更改染色体坐标的情况下更新参考基因组时,会在版本后加.p表示补丁,如 "GRCh38.p9"。 NCBI ...
美国国家生物技术信息中心(GenBank):GenBank是由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)管理的数据库,成立于1982年。它是世界上最大的公共核苷酸序列数据库之一,包含了来自全球各地的数百万条DNA和RNA序列数据,涵盖了多种生物体的基因组、转录组和蛋白质组数据。遗传资源数...
目前,全球主要DNA数据银行主要是三大主要的核苷酸序列数据库,它们分别是: 美国国家生物技术信息中心(GenBank):GenBank是由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)管理的数据库,成立于1982年。它是世界上最大的公共核苷酸序列数据库之一,包含了来自全球各地的数百万条DNA和RNA序列数据...
美国国家生物技术信息中心(GenBank):GenBank是由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)管理的数据库,成立于1982年。它是世界上最大的公共核苷酸序列数据库之一,包含了来自全球各地的数百万条DNA和RNA序列数据,涵盖了多种生物体的基因组、转录组和蛋白质组数据。
RefSeq(Reference Sequence)是美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的参考序列数据库,其参考基因组的标识符通常以"GCF"开头,后跟一串数字和点号,再跟版本号。例如,一个RefSeq参考基因组的标识符可能是"GCF_000001405.39"。GCF ===Genome Collection File 而GenBank的基因组序列标识符通常以"GCA"开头,例如"GCA_000001405....
NCBI中比较重要的数据子库包括:1.GenBank与RefSeq GenBank是NIH遗传序列数据库,集成了所有公开可获得的已注释DNA序列。GenBank收录的核酸序列数据根据其不同的研究属性,分属于Nucleotide、GSS和EST三个子库(可从NCBI主页下拉菜单中登录和查询)。Nucleotide收录绝大多数常规的核酸序列;GSS(Genon ne Survey Sequence...
GeneBank一般指GenBank。GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立的DNA序列数据库,从公共资源中获取序列数据,主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划(Benson等,1998)。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传...
GenBank是美国国立卫生研究院遗传序列数据库,是所有公开可用的DNA序列的一个标记集合(核酸研究,2013年1月;41(D1):D36-42).基因银行是国际核苷酸序列数据库合作,包括日本(DDBJ)的脱氧核糖核酸数据库、欧洲核苷酸档案(ENA)和NCBI的基因银行。这三个组织每天交换数据。
图1 NCBI主页 图2 熟悉GenBank 1、点击左边Resourse list,进入页面,如图2;找到GenBank,按图3依次操作(更加助于了解GenBank) 2、点击annotated sample GenBank record,出现如图3、4界面,相关注释信息如图3、4,向下翻,如图5,可以看到更详细的注释对应的解释。上几张网页版的页面翻译,不过有点生硬 ...