你可以使用以下代码完成安装: #使用devtools安装ggtree包devtools::install_github("GuangchuangYu/ggtree") 1. 2. 这段代码会从GitHub上下载ggtree包的源代码,并编译安装到你的电脑上。请确保你的电脑已经正确安装了编译工具,以便顺利完成这一步。 第四步是加载ggtree包。你可以使用以下代码加载ggtree包: #加载ggtree...
nwk树文件和R代码文件我已经放在github:https://github.com/Lxmic/ggtree_note 1. ggtree安装 关于这个包,y叔已经写了相当详细的说明,有一个完整的电子书《Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees》。这个包是在Bioconductor上面,有非常详细的介绍,可以去查找相关的内容。#安装相关的包...
https://github.com/nongxinshengxin/teach-you-to-plot-by-R 安装并加载包 if (!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager") if (!require("ggtree")) BiocManager::install("ggtree") if (!require("ggnewscale")) install.packages("ggnewscale") if (!require("ggtreeExtra")) BiocManage...
if(!requireNamespace("devtools",quietly=TRUE)) install.packages("devtools")devtools::install_github("xiangpin/ggtreeExtra") The released version fromBioconductor: if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")## BiocManager::install("BiocUpgrade") ## you may need...
install the ggplot2 (<=3.3.6 by remotes::install_version('ggplot2', version='3.3.6')) to keep the current R and Bioconductor. Third method install thegithub(development) version byremotes::install_github('YuLab-SMU/ggtree')if you know what you are doing. ...
devtools::install_github("ricardo-bion/ggradar", dependencies=TRUE) 1. 照例ggplot2 这类扩展主题包是需要通过 github 来安装的。 绘图:以 mtcars 数据集为例 #加载相关扩展包 library(ggradar) suppressPackageStartupMessages(library(dplyr))library(scales) ...
remotes::install_github("YuLab-SMU/ggtreeExtra") if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ggtreeExtra") BiocManager::install("ggstar") # 下载"ggstar","ggplot2","ggtree","treeio","ggnewscale"包 ...
github地址:https://github.com/YuLab-SMU/ggtree R# 在linux中进入Rif(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ggtree")# 安装ggtree 二、画图 PhyloPhlAn 数据来源和绘图方法见: dir()# 查看工作目录[1]"example_corynebacteria.tree.nwk"[2]"exa...
这个报错具体原因是什么我暂时也不知道,但是搜索这个报错找到了一个解决办法是 把已经安装好的ggtree删除,然后使用命令remotes::install_github("YuLab-SMU/ggtree")重新安装,这样就没有报错了 参考链接是https://stackoverflow.com/questions/67542581/ggtree-2-4-2-error-error-in-datamasknew-data-caller-env-arg...
说真的,每次安装ggtree是最让我崩溃的,永远不可能一次完成。这次是这个依赖包问题,下次就会是另一个...