groupOTU:自定义函数,用于将属性信息合并到进化树中的叶节点(OTU)。 使用ggtree函数绘制树,设置布局为圆形(layout="circular")。 ladderize = F:不对树进行阶梯化处理。 branch.length="none":不显示分支长度。 使用aes(color=group)对树的分支进行着色,着色的属性为group。 使用scale_color_manual手动设置颜色映...
ggtree(tr2,layout ="circular") ggtree(tr2,layout ="fan", open.angle=100) #使用参数branch.length = 'none'可以去掉分支长度: ggtree(tr2,branch.length = 'none')#默认矩形布局 ggtree(tr,branch.length = 'none', layout = 'circular') ggtree(tr,branch.length = 'none',layout ="daylight") #...
layout="circular")+xlim(0,5)+geom_tiplab2(offset=0.1,size=2)+#geom_text(aes(label=node))+geom_highlight(node=152,fill="red")+geom_highlight(node=154,fill="steelblue")+geom_highlight(node=155,fill="green")+geom_cladelabel(node=...
先绘制一个环形的进化树: p<-ggtree(tree,layout = "circular",size=0.1) 给进化树末端节点添加节点名称: p1<-p+ geom_tiplab(align = T,size=2) 给第一层外圈添加TPM表达量热图: p2<-gheatmap(p1,tpm, offset=6, #设置外圈图到树的偏移距离,这个值需要不断调试 width=.8, #热图宽度 colnames_angl...
ggtree(hc,layout = "circular")+ geom_tiplab2(offset=10)+ xlim(0,300) image.png 接下来我们用鸢尾花的数据集试一下 鸢尾花数据集是150个样本,用圆形的图看下效果 df<-iris[,1:4] rownames(df)<-paste(iris$Species,1:150,sep="_")
layout布局美化 首先最重要的当然是树图的layout了。 1ggtree(tree,layout = 'circular') 变成环形聚类树 其中ggtree设置了很多布局参数。如下图: 各位,可以随心所欲的调整。 ggplot2的图形美化参数 1ggtree(tree) + scale_x_reverse()#将x轴反过来
首先最重要的当然是树图的layout了。 1ggtree(tree,layout = 'circular') 变成环形聚类树 其中ggtree设置了很多布局参数。如下图: 各位,可以随心所欲的调整。 ggplot2的图形美化参数 1ggtree(tree) + scale_x_reverse()#将x轴反过来 2ggtree(tree) + coord_flip()#将x轴和y轴置换 ...
首先最重要的当然是树图的layout了。 1ggtree(tree,layout = 'circular') 变成环形聚类树 其中ggtree设置了很多布局参数。如下图: 各位,可以随心所欲的调整。 ggplot2的图形美化参数 1ggtree(tree) + scale_x_reverse()#将x轴反过来 2ggtree(tree) + coord_flip()#将x轴和y轴置换 ...
ggtree(tree,layout="inward_circular",xlim=c(40,NA),alpha=0)+geom_tiplab(aes(color=group),show.legend=F)+scale_color_manual(values=col)+ggnewscale::new_scale_color()+geom_taxalink(data=df2,mapping=aes(taxa1=taxa1,taxa2=taxa2,color=group1),hratio=3)+scale_color_manual(values=c("#...
image.png 同一个组的数据用括号括起来,中间逗号分隔,不同组之间用逗号分隔,最后一个括号将所有内容括到一起,最后是一个分号 画一个树形图展示一下 library(ggtree) library(treeio) tree<-read.tree("example.txt") ggtree(tree,layout = "circular")+ ...