tree$tip.label <- tree_name 这样一来即可完成树枝的名称更换 指定外围枝 tree_rooted <- root(phy = tree,outgroup = "outgroup",edgelabel = T) 绘制基础图形 这里建议直接使用ggtree进行绘制,使用ggplot()+ggtree()的形式进行绘制,虽然也能绘制出进化树图,但是只有直方图可用,无法转化为圈图等其他呈现形式。
读取树文件并制定外类群 tree<-read.tree("NG/figure1b.tree")root(tree,outgroup="Helianthusannuus")->tree1 展示进化树 ggtree(tree1,branch.length = "none")+ geom_tiplab(fontface="italic")+ xlim(0,15) image.png 添加右侧表示分组的线段 为了方便我直接使用ggplot2里的annotate()函数了 ggtree(tr...
root_edge = TRUE) # 如果为TRUE(默认情况下),将root.edge设置为原始根到子集树根的路径长度 treefile = system.file("extdata", "pa.nwk", package="treeio") tree = read.tree(treefile) ggtree(tree) + geom_tiplab() ggtree(tree_subset(tree,"I",4)) + geom_tiplab() 图6 tree_subset根据给定...
geom_rootpoint 用符号点注释根节点 geom_text2 geom_text的修改版本,支持子集 geom_tiplab 尖端标签层,可以是文本或图像 geom_tippoint 用符号点注释外部节点 geom_tree 树结构层,支持多种布局 我个人比较感兴趣的 geom_cladelabel,geom_hilight,geom_tiplab,这些geom图层。所以主要还是讲这些。
3write.tree(as.phylo(hc),file = 'mytree.nwk') 这样我们的桌面上就多了一个nwk的树文件。 将树文件导入R 用read.tree函数导入 1require(ggtree) 2inname <- 'my_tree.nwk' 3tree <- read.tree(inname) 4ggtree(tree) + geom_tiplab()#这个文本没有打印完全,这个可以设置par全局画布的大小来改变...
root(tree,outgroup = "Helianthusannuus") -> tree1 1. 2. 展示进化树 ggtree(tree1,branch.length = "none")+ geom_tiplab(fontface="italic")+ xlim(0,15) 1. 2. 3. image.png 添加右侧表示分组的线段 为了方便我直接使用ggplot2里的annotate()函数了 ...
tree$root.edge<-0.1 最基本的进化树 ggtree(tree)+ geom_tiplab(fontface="italic")+ theme_tree2()+ geom_rootedge() -> p p image.png 这里右侧显示不全,可以通过设置x轴的范围来解决 论文中的树是从左上角开始,ggtree默认是从左下角开始,想实现论文中的效果可以通过旋转指定节点来实现 ...
ggtree的使用 01 函数介绍 首先介绍一下ggtree函数以及内部的参数 代码语言:javascript 复制 ggtree(tr,##数据 mapping=NULL,layout="rectangular",##树状图的形状(分为矩形,扇形,倾斜等)open.angle=0,##开放角度,当layout为扇形时可设置 mrsd=NULL,##most recent sampling dateas.Date=FALSE,##是否在决策树中...
tree$root.edge<-0.1 最基本的进化树 ggtree(tree)+geom_tiplab(fontface="italic")+theme_tree2()+geom_rootedge() ->pp 这里右侧显示不全,可以通过设置x轴的范围来解决 论文中的树是从左上角开始,ggtree默认是从左下角开始,想实现论文中的效果可以通过旋转指定节点来实现 ...
library(ape)library(tidytree)library(phytools)library(dplyr)library(ggtree)library(ggplot2)noroot_tree1<-read.tree("1_HAgenotyping.aln.fasta.treefile.nwk")noroot_tree2<-read.tree("8_NAgenotyping.aln.fasta.treefile.nwk")noroot_tree3<-read.tree("7_NSgenotyping.aln.fasta.treefi...