MACS2是2008年最早提出,当时主要用于分析TF的ChIP-seq数据。后来证实对于broad peaks也是适用的。MACS2既可以用于没有Control的ChIP-seq数据,也可以用于有Control的ChIP-seq数据(增加了peak的特异性)。 narrow peaks:https://www.encodeproject.org/data-standards/chip-seq/ broad peaks:https://www.encodeproject.o...
MACS2是ChIP-Seq、ATAC-Seq、DNAsel-Seq等分析中call peaks的常用软件。 MACS2的使用方法 macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} 参考示例: # Example for regular peakcalling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -...
bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control2, treament2 vs control1的得分。 filterdup:过滤重复,结果是BED文件 predictd:从比对文件中估计文库大小或d randsample: 随机抽样 pileup:以给延伸大小去堆积(pileup)比对得到的reads。这一步不会有...
MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。