首先,我们打开NCBI网站,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/选择数据库,此处我们选择“Gene”数据库,并输入要查找的基因名称(Gene Symbol) Gene Symbol是基因的名字,每个基因的Gene Symbol是固定的,搜索时应该分辨出常用名和Gene Symbol。准确的Gene Symbol可以使我们快速地检索到目标基因。 例如,当我们输入该基因的Gene...
# 使用bitr函数将基因从SYMBOL转换为ENTREZID genelist <- bitr(gene=DEG, fromType="SYMBOL", toT...
首先,登录NCBI的Gene数据库,搜索你感兴趣的基因,例如HNF-4。在搜索框中输入基因的Symbol,也就是基因的名称。每个基因都有独特的Symbol,它会随着版本更新而变化,但GeneID始终不变,这在整个数据库中具有唯一性。在搜索结果中,你可以查看HNF4基因的结构图,它会清晰地显示该基因有10个外显子,用...
Ensembl ID 特征 Gene Official Name,也就是Symbol可能是大家更愿意接受和理解的一种基因名,但是有时候我们会遇到类似下面这种: ENSG00000186092.4 ENSG00000279928.1 ENSG00000279457.2 此处ENS*就是Ensembl ID,其所代表的是在Ensembl数据库中对基因的命名,当拿到这样一组数据时,当然是要先看懂其所代表的具体意义!
image.png Ensembl ID 特征 Gene Official Name,也就是Symbol可能是大家更愿意接受和理解的一种基因名,但是有时候我们会遇到类似下面这种: ENSG00000186092.4 ENSG00000279928.1 ENSG00000279457.2 此处ENS*就是Ensembl ID,其所代表的是在Ensembl数据库中对基因的命名,当拿到这样一组数据时,当然是要先看懂其所代表的...
Gnen ID即Entrez gene ID,其是NCBI给予不同基因的一个代号(标识符),用于对不同数据库进行联合搜索的搜索引擎,也被其他众多的数据库使用。Entrez gene ID就是一系列数字,比较好辨识,但一般都记不住 Gene Symbol相当于基因的官方名字,如TP53这样的 还有一些RefSeq Accession Number: ...
然后打开GraphPad Prism7,如图13,选择“XY” --> 点击“create”创建散点图,然后将logFC和-log10(P value)这两列数据分别拷贝到X和Group A两列中,title处也可以将对应的Genesymbol这一列的数据拷进去(本例中未演示),如图14所示。点击“data1”即可看到草图,如图15所示。
事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下:1.在Gene数据库,填入基因名HNF-4,我一般的话习惯叫Symbol,每个基因都有个Symbol,即基因名。2.我们来mouse的...
首先准备目标基因文件,我们以下面这几个基因(gene symbol的形式)为例进行爬取其在NCBI(gene)中的信息,基因列表文件可以从这里下载(https://pan.baidu.com/s/1c2jbvby)。 gene list文件 载入要用到的包并读入基因列表: library(RCurl) library(stringr) ...
事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下: 1.在Gene数据库,填入基因名HNF-4,我一般的话习惯叫Symbol,每个基因都有个Symbol,即基因名。 2.我们来mouse的HNF4基因来作为...