NCBI(美国国家生物技术信息中心)的资源架构(下篇)
还有及提交了一个突变体,所以NCBI就建立了一个RefSeq数据库,整合了 不同版本的序列,做出来最权威的一个版本,叫做Reference Sequence (图4),所以经常看的Ref Seq这种词, 其实就是有人真的是花了时间和精力把不同版本做了一个整合的Reference 数据库, 包括我们说Human genome,就是指的是一个Reference Genome。 (...
人类基因组资源向导 — 可用的人类基因组数据资源概览。包括关于人类基因组的公告和进展报告和提供对以前分离的数据的集中访问。 人类基因组序列数据的状态 — 描述了目前在GenBank中的数据的范围,包括完成的和草图高通量基因组序列数据的讨论。 染色体 人类基因组测序 — 每一条染色体,概述了人类基因组计划的测序进展...
3.Genome NCBI收录了超过1000种已经完成测序的生物体全部基因组序列和定位数据,及正在进行测序的物种阶段性发布的基因组信息。Genome涉及的物种涉及所有的生物领域:细菌、古细菌、真核生物,以及许多病毒、噬菌体、类病毒、质粒和含遗传物质的细胞器。如我们选择人类基因组(检索人类拉丁种名“Homo Sapiens"或“Human"...
基因组信息(Genome):该资源组织基因组的信息,包括序列(sequences),图谱(maps),染色体(chromosomes),装配(assemblies)和注释(annotaions)。这里面有人类基因组(Human Genome),微生物基因组(Microbial Genomes),细胞器基因组(Organelle Genome),病毒基因组(Viral Genomes),原核生物参考和典型基因组(Prokaryotic reference ...
NCBI 还支持与推广多种医学及科技方面的数据库,包括:三维蛋白质结构的分子模型数据库 ( MMDB) 、孟德尔人类遗传( OMIM )、特殊人类基因序列集( UniGene )、人类基因组基因图( Gene Map of the Human Genome )、生物分类游览器( Taxonomy Browser )以及与国立癌症研究所合作的癌症基因组解剖学项目(CGAP )等。
该工具在2023年11月停止使用。官网给出了另外一个工具,Comparative Genome Viewer,可以查看两个基因组之间的相似及重排程度。程序运行时,需要指定两个物种及参考基因组版本。 CGV-setting.png 同一物种不同基因组版本的展示 用来展示同一个物种,不同基因组版本之间的比较。如果两个基因组组装的效果都比较好,两个基因...
跳转至样本类型选择(图7-1),根据上传数据的样本特征勾选。SRA提供了10种样本类型,比如RNA-seq可能对应“Microbe”(单菌株)、“Model organism or animal”(经典的模式物种)、“Human”(人)、“Plant”(植物)。 图7-1 Biosample type界面 对于微生物群落的扩增子、宏基因组等测序分析,可能对应“Genome, metageno...
6. HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列,未完成的(阶段0,1,2)和完成的(阶段3)序列。(注意:完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。) 7. STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。
ENCODE(Encyclopedia of DNA Elements),DNA元件百科全书,是美国国立人类基因组研究院(US National Human Genome Research Institute,NHGRI)在2003年9月启动的跨国研究项目。该项目旨在解析人类基因组中的所有功能性元件,它是人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)完成之后,又一重要的跨国基因组学研究项目。该项目联合...