ggtree是一个基于ggplot2的R包,专门用于可视化进化树,支持多种树状图的格式,如Newick、Nexus、PhyloXML等,它不仅能绘制基础的进化树,还能结合数据在树上进行注释和高级自定义,是进化分析中不可或缺的工具之一。 安装ggtree 要安装ggtree,你需要先确保已经安装了R和Bioconductor。ggtree作为Bioconductor的一部分,可以通过以...
除了系统发育树内置数据的注释,ggtree还可以整合其他数据进行可视化注释,接下来我们使用facet_plot函数在发育树后面绘制每个物种的序列分布柱状图,完整脚本如下: 代码语言:javascript 复制 library(ggplot2)library(ggtree)library(ggstance)tree=read.tree("top50_OTUs_with_genus.tre")data=fortify(tree)tregraph=ggtree(...
聚类树美化-使用ggtree绘制环形聚类图捡羊毛的咩 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多5362 -- 4:19 App 分子标记聚类树美化-环形聚类树的绘制方法(mega和ggtree) 429 -- 32:50 App 聚类树美化-如何用R语言进行聚类分析(基础操作) 346 -- 26:33 App 分子标记位点统计-使用R语言绘制分组条形图...
一、ggtree的安装(仅需一次) 安装ggtree前先确保您已经安装了 R 语言和 RStudio。接下来在 R 控制台中输入以下代码以安装 `ggtree` 及其相关依赖包: install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ggtree")# install.packages("treeio") 二、读入文件 library("ggtree")library("treeio")library("dplyr"...
ggtree是ggplot2的拓展包,可以应用于进化树的绘制,还能对进化树丰富的注释分析。 背景介绍 最近小编在阅读文献发现了文献中使用了一些精美的树状图,觉得非常漂亮,随后又去网上学习树状图的画法,顺便还学习了一种有趣的圆形树状图,在这里小编一起分享给大家,并且介绍今天的主角,树状图绘制R包:ggtree。
一、安装ggtree包的前期准备 在安装ggtree包之前,请确保您的R语言环境已经安装了下列依赖包: BiocManager,用于管理Bioconductor的包。 ggpubr,用于方便的ggplot2图形可视化。 ggplot2,用于数据可视化。 其他可能的依赖包如treeio、tibble等。 二、安装ggtree包的完整步骤 ...
这里建议直接使用ggtree进行绘制,使用ggplot()+ggtree()的形式进行绘制,虽然也能绘制出进化树图,但是只有直方图可用,无法转化为圈图等其他呈现形式。 p <- ggtree(tree_rooted, layout = "fan", branch.length="none",# 这里忽略枝长 size=0.15, open.angle=5) ...
昨天介绍了强行使用Y叔ggtreeDendro包的plot_wgcna 函数重绘WGCNA中的WGCNA::plotDendroAndColors() 内容。今天修改plot_wgcna代码,使其出图更加贴近于WGCNA包的功能和结果。 本文代码保留了Y叔的plot_wgcna 函数的绝大部分内容。 本文把代码放到了最后,把其它内容都提前了。 存在的问题 本文介绍的代码还存在以下内容...
步骤1:安装ggtree包 在R语言的控制台中输入以下代码,并按下回车键执行: install.packages("ggtree") 1. 这段代码将会从CRAN(Comprehensive R Archive Network)安装ggtree包。安装完成后,你就可以使用ggtree包了。 步骤2:导入所需数据 将你要绘制的进化树数据保存为一个文件,例如tree.nwk,然后使用以下代码导入数据...
ggtree的实操 第一步,当然是要等得到树文件,进化树也大致分为两种,一种是聚类树,根据样本之间的相关性计算距离,根据距离矩阵,算出聚类数。 1d <- dist(data)#计算样品间的距离 2h <- hclust(d)#转换成聚类树的格式 另外一种就是根据核苷酸的替代和变化,构建的进化树,可以用MEGA X,也可以使用在线网站制作。