if(!requireNamespace("devtools",quietly=TRUE)) install.packages("devtools")devtools::install_github("xiangpin/ggtreeExtra") The released version fromBioconductor: if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")## BiocManager::install("BiocUpgrade") ## you may need...
1Branch 0Tags Code This branch is1122 commits behindYuLab-SMU/ggtree:devel. Folders and files Name Last commit message Last commit date Latest commit guangchuang yu bug fixed 6c3d0a2· History 949 Commits .github fixed link R bug fixed ...
ggtree是ggplot2的拓展包,它不仅能画进化树,而且还能对进化树进行丰富多彩的美化和添加多组数据或元素。使用ggtree给可以轻松给10分以上的文章画进化树。 一、安装 R地址:Bioconductor - ggtree github地址:https://github.com/YuLab-SMU/ggtree R# 在linux中进入Rif(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE)...
于是我们在获得读者发来的测试数据后准备着手实现这个需求。而画进化树,自然要用到Y叔的ggtree和ggtreeExtra包。 源码获取 源码和示例数据已上传GitHub仓库,可以在以下链中寻找对应文件夹获取: https://github.com/nongxinshengxin/teach-you-to-plot-by-R 安装并加载包 if (!require("BiocManager")) install.packa...
最初github上用户(@JustGitting)报告说geom_hilight和geom_cladelabel不能用于unrooted树。详见:https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118 我表示这确实是不行的,然后这就变成了feature request。我继续表示unrooted tree在ggtree中的实现并不好,我只实现了equal angle algorithm,在写注释图层之前,如果我有...
nwk树文件和R代码文件我已经放在github:https://github.com/Lxmic/ggtree_note 1. ggtree安装 关于这个包,y叔已经写了相当详细的说明,有一个完整的电子书《Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees》。这个包是在Bioconductor上面,有非常详细的介绍,可以去查找相关的内容。#安装相关的包...
继续之前还没有完成的内容。因为最近在学习Y叔的R包--ggtree,所以就顺便拿这个内容来进行展示,作为一个例子来记录。nwk树文件和R代码文件我已经放在github:https://github.com/Lxmic/ggtree_note 1. ggtree安装 关于这个包,y叔已经写了相当详细的说明,有一个完整的电子书《Data Integration, Manipulation and Visual...
英文:https://guangchuangyu.github.io/ 进一步深入了解,发现作者余光创(Y叔)在发这篇文章时是港大的在职博士,看履历应该是研究比较顺利,现在已转博士后了。Y叔最初的专业也非生物信息学(09年生物化学与分子生物学专业)。常常也会在博客上分享各种生信知识和在论坛中帮助他人解决问题,在读博前已在生信圈有名气,而...
ggtree is a R package dealing with phylogenetic data object and created in order to facilitate and enhance the representation of phylogeny tree using ggplot source and guide: https://guangchuangyu.github.io/ggtree-b... Sign up to watch this tag and see more personalized content Watch tag Go ...
#使用devtools安装ggtree包devtools::install_github("GuangchuangYu/ggtree") 1. 2. 这段代码会从GitHub上下载ggtree包的源代码,并编译安装到你的电脑上。请确保你的电脑已经正确安装了编译工具,以便顺利完成这一步。 第四步是加载ggtree包。你可以使用以下代码加载ggtree包: ...