ggtree:一款强大的R语言绘制生物进化树工具 在生物信息学和进化生物学领域,树状图(phylogenetic trees)是用来表示物种之间进化关系的重要工具。ggtree是一个基于ggplot2的R包,专门用于可视化进化树,支持多种树状图的格式,如Newick、Nexus、PhyloXML等,它不仅能绘制基础的进化树,还能结合数据在树上进行注释和高级自定义,是...
p=ggtree(tree,layout = "fan",open.angle = 5) # 2. 内圈注释,给部分clade加上不同Phylum的颜色,但是这个色块是加在tip到圆等半径的空间(这个很有意思,还没有看到过别人用R实现过) p1=p+geom_tiplab(data=tree_df,mapping = aes(color=Phylum),align = T,linetype = 1,linesize = 3.5,size=0)+...
R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作 ggtree是R语言里对进化树进行可视化展示的一个功能非常强大的R包,ggtree的作者还专门写了一本书对ggtree的用法进行了详细的介绍,相关链接是https://yulab-smu.top/treedata-book/。最新版的ggtree还可以接受R语言里层次聚类分析的结果,画聚类树展示结果,非常方便。我之前也录...
ggtree是R语言里对进化树进行可视化展示的一个功能非常强大的R包,ggtree的作者还专门写了一本书对ggtree的用法进行了详细的介绍,相关链接是 https://yulab-smu.top/treedata-book/。最新版的ggtree还可以接受R语言里层次聚类分析的结果,画聚类树展示结果,非常方便。我之前也录制过视频进行介绍。 今天的内容是介绍一...
在R的控制台中输入以下代码: install.packages("BiocManager") 1. 加载BiocManager: 使用以下命令加载BiocManager: library(BiocManager) 1. 安装ggtree包: 使用BiocManager安装ggtree: BiocManager::install("ggtree") 1. 加载已安装的包: 成功安装后,你需要加载ggtree以及其它相关依赖包: ...
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在数据分析中读取进化树一般是用ape程序包的readtree但是构建进化树时不同软件生成的文件格式多种多样虽然大部分都是以newick或者nexus格式为基础但是有时要将进化树建立过程中的信息标注在进化树上这时readtree读取的信息往往不足编写函数导入相关信息也比较麻烦 科学网—在R中绘制进化树:ggtree学习笔记 ggtree (/...
treeio包定义了S4类,用于存储系统发育树,这些树包含来自不同来源的不同类型的相关数据或协变量,包括来自不同软件包的分析输出。它还定义了相应的解析器函数,用于用注释数据解析系统发育树,并将它们作为数据对象存储在R中,以便进一步操作或分析。 Newick文件可以使用read.tree()或read.newick()函数来解析。
首先我们使用R语言内置的数据集mtcars做一个层次聚类 代码语言:javascript 复制 mtcars df<-mtcars[,c(1,3:6)]df df.hclust<-hclust(dist(df)) 接下来使用ggtree对层次聚类的结果进行展示 代码语言:javascript 复制 library(ggtree)ggtree(df.hclust)+geom_tiplab(offset=2)+xlim(NA,280)+geom_highlight(node...
R语言ggtree画进化树并给树枝映射颜色 小明的数据分析笔记本 4074 1 R语言的ggtree包画圆形的树状图展示聚类分析的结果~数据代码可在小明的数据分析笔记本公众号留言获得 小明的数据分析笔记本 1.9万 32 跟着Nature学作图:R语言pheatmap包做热图并添加文本标注 小明的数据分析笔记本 1.5万 7 R语言ggtree可视化展示进...