指定外围枝 tree_rooted <- root(phy = tree,outgroup = "outgroup",edgelabel = T) 绘制基础图形 这里建议直接使用ggtree进行绘制,使用ggplot()+ggtree()的形式进行绘制,虽然也能绘制出进化树图,但是只有直方图可用,无法转化为圈图等其他呈现形式。 p <- ggtree(tree_rooted, layout = "fan", branch.length...
一般来说,树的节点可以分为三类:根节点(root node)、内部节点(internal nodes)和叶子节点(leaf nodes)。如图1所示,这棵进化树一共有6个节点,其中F为根节点(root node),E为内部节点(internal nodes),A-D均为叶子节点(leaf nodes)。 进化树的所有节点之间存在层级关系,A、B、E这3个节点与根节点F直接相连,是...
branch.length="branch.length",##用于缩放分支的变量 root.position=0,##根节点的位置...) 02 ggtree可实现的一些绘图展示 在这里,小编给大家分享一些ggtree可以实现的绘图结果展示(当然只是一部分,ggtree还有非常多的功能可以满足大家的需求) 基本树状图绘制 绘制SNP和特征的数据 对具有多个序列比对进行可视化 圆形...
geom_rootpoint 用符号点注释根节点 geom_text2 geom_text的修改版本,支持子集 geom_tiplab 尖端标签层,可以是文本或图像 geom_tippoint 用符号点注释外部节点 geom_tree 树结构层,支持多种布局 我个人比较感兴趣的 geom_cladelabel,geom_hilight,geom_tiplab,这些geom图层。所以主要还是讲这些。
tree<-read.tree("NG/figure1b.tree")root(tree,outgroup="Helianthusannuus")->tree1 展示进化树 ggtree(tree1,branch.length = "none")+ geom_tiplab(fontface="italic")+ xlim(0,15) image.png 添加右侧表示分组的线段 为了方便我直接使用ggplot2里的annotate()函数了 ...
ggtree是Y叔的,也是微信公众号biobabble的号主,称号呢,挺多的。简而言之就是众多R开发者中的佼佼者。尤其擅长的是可视化。也就是我们比较关注的绘图部分。 之前我们介绍的clusterprofile就是他的作品,不过除此以外,他还有一个非常优秀的R包就是进化树的可视化R包tree,注意是可视化,而不是分析。
root(tree,outgroup = "Helianthusannuus") -> tree1 1. 2. 展示进化树 ggtree(tree1,branch.length = "none")+ geom_tiplab(fontface="italic")+ xlim(0,15) 1. 2. 3. image.png 添加右侧表示分组的线段 为了方便我直接使用ggplot2里的annotate()函数了 ...
tree$root.edge<-0.1 最基本的进化树 ggtree(tree)+ geom_tiplab(fontface="italic")+ theme_tree2()+ geom_rootedge() -> p p image.png 这里右侧显示不全,可以通过设置x轴的范围来解决 论文中的树是从左上角开始,ggtree默认是从左下角开始,想实现论文中的效果可以通过旋转指定节点来实现 ...
tree$root.edge<-0.1 最基本的进化树 ggtree(tree)+geom_tiplab(fontface="italic")+theme_tree2()+geom_rootedge() ->pp 这里右侧显示不全,可以通过设置x轴的范围来解决 论文中的树是从左上角开始,ggtree默认是从左下角开始,想实现论文中的效果可以通过旋转指定节点来实现 ...
p+geom_rootedge(rootedge=1)## 把指定节点进行旋转 ## 把树改成左上角到右下角的形式new.p<-ggtree::rotate(p,11)new.p+geom_tiplab()ggtree(reduced.tree)+geom_tiplab()+geom_nodelab(aes(label=node))p1<-collapse(new.p,node=13,"max",fill="white",color="black")%>%collapse(node=14,"...